การบริการขนส่งสินค้า โดยมีท่าเทียบเรือสำหรับเรือสินค้า เพื่อการส่งออกหรือนำเข้าที่มีปริมาณมาก รวมถึงการขนส่งผลิตภัณฑ์ปิโตรเคมี
ซึ่งเป็นสินค้าเหลวด้วยท่าเรือมาบตาพุดออกแบบมาเพื่อเป็นท่าเทียบเรือที่ได้มาตรฐานสากล

ท่าเรืออุตสาหกรรมมาบตาพุด ได้จัดเตรียมอุปกรณ์ และการบริการต่าง ๆ ที่จำเป็นสำหรับการให้บริการเรือสินค้าเพื่อความปลอดภัยสูงสุด ประกอบไปด้วย :

- เรือลากจูง
- เรือนำร่อง
- เรือรับเชือก
- เรือตรวจการณ์
- ทุ่นเครื่องหมายการเดินเรือ
- ไฟนำร่อง
- ไฟส่องท่าเทียบเรือ

ท่าเรืออุตสาหกรรมมาบตาพุด ยังมีสำนักงานที่ทำการของหน่วยงานราชการเพื่อความสะดวกในการติดต่อด้านเอกสารต่างๆ หน่วยงานราชการที่มีบนฝั่ง ประกอบด้วย

- สำนักงานศุลกากร : ศุลกากรมีหน้าที่จัดเก็บภาษีตรวจตราเรือและสินค้าทั้งขาออกและขาเข้า
- ด่านควบคุมโรคติดต่อระหว่างประเทศ : หน้าที่หลักของสถานีตรวจกักกัน รวมไปถึงการตรวจเรือสินค้า ตรวจหาโรคติดต่อ ฉีดวัคซีนให้ลูกเรือ และคนบนเรือ
ตรวจดูแลความสะอาดของท่าเทียบป้องกันการระบาดของโรคติดต่อ

ศูนย์ประสานและอำนวยความสะดวกในการเดินเรือ (VTMS)
   ตรวจสอบการเดินเรือ บริเวณร่องน้ำ และเขตท่าเรืออุตสาหกรรมมาบตาพุดให้คำแนะนำ และประสาน เพื่อความปลอดภัยในการเดินเรือโดยใช้ระบบ VTMS

การบริหารจัดการงานสาธารณูปโภคทางน้ำ
1.ด้านร่องน้ำทางเดินเรือ
  1.1 งานสำรวจร่องน้ำประจำปี
  1.2 งานขุดลอกร่องน้ำประจำปี (กำหนดปริมาณการขุดลอกร่องน้ำจากการสำรวจร่องน้ำประจำปี คิดเป็นประมาณงานจำนวน 95,000 ลูกบาก์ศเมตร)

2. ด้านสิ่งอำนวยความสะดวกภายในเขตท่าเทียบเรือ (ทางน้ำ)
  2.1 ตรวจสอบทุ่นไฟสัญญาณจราจรและเครื่องหมายช่วยการเดินเรือต่างๆ (รอบเวลา 07.00 น.)
  2.2 ตรวจสอบสิ่งแวดล้อมโดยรวมบริเวณหน้าท่าเทียบเรือต่างๆ, การปล่อยน้ำทิ้งท่อระบายน้ำต่างๆ ของโรงงานและเรือต่างๆ ในอ่าวท่าเรือฯ (รอบเวลา 15.00 น.)
  2.3 ตรวจสอบการทำงาน ทุ่นไฟสัญญาณจราจร, เสาหลักนำและกระโจมไฟ ในเวลากลางคืน (รอบเวลา 20.00 น.)
  2.4 ควบคุมและดูแลร่องน้ำไม่ให้มีสิ่งกีดขวางการเดินเรือและที่เป็นผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อม ได้แก่ ตรวจสอบและขจัดคราบน้ำมันในอ่าวท่าเรือฯ,
  ตรวจสอบและเก็บกู้สิ่งที่กีดขวางการเดินเรือ เช่น เศษวัสดุ ขยะมูลฝอย ฯลฯ , ตรวจสอบเรือประมงและผลักดันเรือประมงที่ลักลอบเข้าทำประมงในอ่าวท่าเรือฯ
  2.5 ดูแลและซ่อมแซมบำรุงรักษา ได้แก่ ทุ่นไฟสัญญาณจราจร และเครื่องหมายช่วยการเดินเรือ, เรือตรวจการณ์และโป๊ะเทียบเรือ, อุปกรณ์ขจัดคราบน้ำมัน,
  เครื่องตรวจวัดสภาพอากาศ , งานสำรวจทุ่นและอุปกรณ์ใต้น้ำ, งานสำรวจหลักไฟประจำปี ฯลฯ

3. ด้านงานสนับสนุน สทร. ได้แก่ การซ้อมแผนฉุกเฉินต่างๆ, งานสนับสนุนตามคำสั่ง ฯลฯ